Основные задачи ветеринарно-санитарной службы:

- поддержание устойчивого эпизоотического благополучия;

- оценка и прогнозирование изменений эпизоотической и фитосанитарной ситуации в регионах с целью охраны районов дислокации, перегруппировок и действий  по защите от возможного заноса заразных болезней, в том числе общих для человека и животных, из сопредельных государств (регионов), карантинных болезней и вредителей растений, а также обеспечение локализации и ликвидации инфекционных очагов в случае их возникновения;

- защита личного cостава от зооантропонозов, токсикозов и токсикоинфекций, возникающих в результате использования в пищу продуктов животного и растительного происхождения, неблагополучных в ветеринарном отношении, содержащих вредные и радиоактивные вещества в количествах, превышающих допустимые концентрации (ПДК);

- ветеринарно-санитарный надзор за качеством и пищевой безопасностью продовольствия, поступающего от поставщиков, на всех этапах его заготовки, получения, транспортировки и хранения;

- ветеринарное обслуживание войсковых и продовольственных животных (отбор, уход, лечение, контроль за утилизацией);